ヒトを含む哺乳動物では、BCAA分解（代謝）系が存在し、その主要な系はミトコンドリア内に局在する。
吸収されたアミノ酸は 肝臓で代謝されるか，循環血中に放出． 分岐鎖アミノ酸は 肝臓で代謝されず，血液に放出． おもに筋肉で代謝される．
代謝で大きな役割を担っている臓器が肝臓です。 エネルギー源となるグリコーゲンを貯えて必要に応じてエネルギーを生成するほか、身体の作用に必要なたんぱく質の生成および分解、コレステロールの生成、アルコールや身体に有害な物質の分解や解毒などの働きがあります。
尿素はアミノ酸の最終代謝産物である。
吸収されたアミノ酸は、門脈を通って肝臓に運ばれ血清タンパクの合成などに使われたのち 全身（筋組織や血液など）にプール（貯蔵）されます。 これを人体のアミノ酸プールといいます。
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