タンパク質の立体構造はポリペプチド鎖と呼ばれるアミノ酸のつながりが一次構造、ポリペプチド鎖がらせん状になった二次構造、それがさらに折り畳まれ球状となる三次構造、 .
側鎖が酸性か塩基性かもタンパク質の構造を決める要因です。 塩基性の側鎖はプラス、酸性の側鎖はマイナスのイオンを帯びており、アミノ酸同士は互いに側鎖部分のイオンを引き合ったり、反発し合うため、立体構造に影響を及ぼします。
タンパク質の一次構造はそれに対応する遺伝子によって決定される。 DNAの特異的な塩基配列は伝令RNAに転写され、翻訳というプロセスによってリボソームにより読み替えられる。 タンパク質の配列はそのタンパク質に固有のものであり、構造と機能を決定する。
二次構造（にじこうぞう、英: Secondary structure）は、タンパク質や核酸といった生体高分子の主鎖の部分的な立体構造のことである。
このポリペプチド鎖アミノ酸残 基の配列を、タンパク質の一次構造といいます。
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