細菌の生息環境は非常に広く、例えば土壌、淡水、海水、酸性温泉、放射性廃棄物、そして地殻地下生物圏といった極限環境に至るまで、地球上のあらゆる環境（生物圏）に存在している。 地球上の全細胞数は5×1030に及ぶと推定されており、その生物量は膨大である。
微生物 どこにいるか？
自然界においては、土、森、動植物の体の中や表皮、川、湖沼、海、空気中など、あらゆる場所に微生物が生息しています。 驚くべきことに、地面の奥深く地下5,000mの土壌中や、100℃を越える熱水の中、水深6,000mの海底、はたまた、地上から5,000mの遥か上空からも、微生物の存在が確認されています。
微生物 何でできている？
微生物とは目にみえないくらい小さな生物のことです。 細菌、菌類、ウイルス（※注）、微細藻類、原生動物などが含まれます。
細菌は何を持つ？
ウイルスは、核酸とそれを包むカプシド （一部外側にエンベロープを持つものもあ る）から構成されており、細胞を持ちませ ん。 一方細菌は、細胞壁と細胞膜をもち、 その内側に核酸とリボゾームが存在してお り、細菌そのものが一つの細胞と考えられ ます。
古細菌 どこにいる？
古細菌には、好熱性古細菌（温泉や海底熱水地帯にすむ）高度好塩菌（塩田や高濃度の塩湖にすむ）とメタン菌（腐った沼地やどぶ川、動物の腸にすむ）が含まれている。
